这是一个宣扬女性主义，批判男权和封建王朝腐朽的大女主故事，也是一个爱恨交织感人虐心的爱情悲剧。
花蕊夫人徐莞本是五代割据政权，后蜀国的一个贵妃，她绝世美貌又有诗才，亦颇有为人处世的手段。
然而后蜀主昏庸无道，被当时中原的大宋赵匡胤灭国。
赵匡胤推行仁政，不杀降主，命孟昶一家去汴梁居住，并给他优厚待遇。
然而伐蜀大将王全斌是个暴虐武人，攻占蜀国之后不顾赵匡胤施仁政圣旨，屠城，杀了三万降兵，激起了已经投降的蜀国军民的声势浩大的起义。
赵匡胤再次感觉到五代以来武将骄横野蛮，有心要武将学文，懂得教化，却遇到重重阻力。
花蕊夫人徐莞随着蜀主入汴京之后，当时开封府尹赵光义才发现，她就是他十年前偶遇的女孩，他难忘的初恋。但因一些原因二人分开。
赵匡胤当众命花蕊夫人做诗，对花蕊夫人一见钟情。
因政局需要，赵匡胤命赵光义秘密杀死孟昶，赵光义在给孟昶治丧期间，因不愿花蕊夫人入宫为妃，便想杀死她，但却因爱恨交织而强暴了她。
之后花蕊夫人进宫，但大臣反对立她为后，只因她是败亡之君的宠妃，又艳名在外。
同时，花蕊夫人也发现赵宋的立储问题暗流汹涌，表面赵匡胤要立赵光义为储，其实并非如此。
五代惯例，皇族尹京又封晋王可视作未来储君，但赵光义虽然是开封府尹却并未封王。
立储问题又牵扯到后宫，皇子母族一直被赵匡胤暗中包庇。
赵匡胤看出花蕊夫人是有才能有情怀的女子，提出要立花蕊夫人为后，像李世民的长孙皇后那样，陪伴自己开创盛世。
花蕊夫人不想搅入这残酷的斗争几次三番想办法逃离宫廷，并公开激烈地要求赵匡胤杀死残害蜀人的王全斌将军，赵匡胤为了政局考虑，最终没有杀他，只是将他贬官。
蜀国太子孟玄喆夫妇也暗中邀请花蕊夫人效仿西施貂蝉，帮助他们复国，花蕊却不愿百姓再遭无谓屠戮，拒绝了他们。
赵匡胤和赵光义兄弟的矛盾也渐渐浮出水面，赵匡胤为了安抚赵光义，不得不把花蕊夫人换了个身份让给赵光义。
然光义又因争夺储君之位的需要，不能得罪他的娘子符昭，故而没有要花蕊夫人。
花蕊夫人在汴梁城和蜀宫宫女紫樱合开香药铺，在此期间她发现虽然汴梁城非常繁华，可底层百姓的生活依然困苦，贪官污吏仍然没有得到应有的惩罚。
同时她看了一本讲赵匡胤立国前后的传记，觉得他和自己喜爱的《风尘三侠》故事里的大将军李靖是一样的当世真豪杰。并渴望像慧眼识英雄的红拂女那样，帮助自己的爱人一起成就不世功业。
她用自己的影响力，迫使赵光义重审一个牵扯已故皇后母族的案子，但最终只有小鱼小虾被惩罚，于是她又想要进宫为后，希望可以影响赵匡胤，还百姓一个公道，为更多百姓做些事。
然而此时赵光义与花蕊冰释前嫌旧情复燃。
花蕊最终放弃了爱情，决心进宫为后，可又因此前与光义的旧情几次三番受到牵连，被赵匡胤所怀疑。
花蕊进宫后整顿宫规，提倡宫人学文，组织创作一系列教百姓向上向善的话本。暗中组织被王全斌迫害的西蜀百姓上万民书，要求重审王全斌，此举得到了赵匡胤的暗中支持，但最终赵匡胤考虑到四海未平，华夏还未统一，正是用武人之际，仍然没有杀王全斌。
宋蜀两国人民因为蜀人要杀王全斌一事，矛盾重重，花蕊夫人写了一个爱情话本，以批判王全斌的残暴，教育世人内心向善，话本引起强烈反响，许多宋人改变了麻木不仁的态度，开始同情蜀人。
花蕊夫人一再得罪宋朝武将们，激起了他们的强烈不满。
深藏在宫里的契丹谍人也浮出水面，谍人计划通过赵氏兄弟的矛盾搅乱中原。
蜀国太子联合西蜀曾经叛降大宋的将军尹审征，密谋颠覆大宋，蜀国太子写的联合谋反的密信被赵光义查获，信中太子对尹审征撒谎说花蕊夫人也加入复国计划。
不久，光义为了争夺皇位，用此密信要挟花蕊帮助他染指禁军军权。花蕊为了蜀主一族两百余口人的性命不得不帮助光义。却在良心和大义驱使下，对赵匡胤坦白自己的罪行，赵匡胤狠心将她囚禁。
在对花蕊夫人不满的武将造谣下，民间关于花蕊夫人是祸国妖妃的谣言再次暗中流传。
不久，传来武将们联合清君侧的密信，矛头直指花蕊夫人。
赵匡胤为了平息局势，又因光义一次一次挑衅皇权，再也忍无可忍，于是，他让光义杀死花蕊夫人，自己却不追究，这样就能同时攻破王室兄弟不和以及赵匡胤专宠花蕊两个谣言。
同时他也借此举狠狠惩罚赵光义。
赵光义被逼疯了几天，最终异常冷静干脆地当着文武百官和各国使臣的面一箭射死了花蕊夫人。
新皇后册封典礼上，赵匡胤仿佛看到穿着皇后礼服迎面走来的是花蕊夫人，流下了一行泪水。
